El crucero y capilla mayor forma parte de la ampliación que lleva a cabo Alonso de Vandelvira (1616-1617). Estas obras son definitivas para la actual configuración del templo. Aunque las trazas fueron dadas por Alonso de Vandelvira, la ejecución de las obras estuvo a cargo de los alarifes jerezanos Nicolás Ruiz Amarillo y Sebastián Jiménez. Debido a la envergadura y costes de las obras, la comunidad cedió el patronato de la capilla mayor a Esteban Blanqueto.
La cabecera se resuelve mediante uan cúpula semiesférica sobre pechinas a la que se adosan dos capillas colaterales y la mayor, todas ellas cubiertas por bóvedas de cañón. Cúpula y bóvedas se decoran a base de casetones, siguiendo la estética serliana, tan típica en la obra de Vandelvira. De hecho, se puede relacionar con los trabajos que realizó el arquitecto en Sanlúcar de Barrameda (1), inmediatamente antes de llegar a Cádiz. Las pechanas (2) ostentan los escudos heráldicos de la familia Blanqueto, y en la clave de la cúpula hay un relieve que representa a Santiago en la batalla de Clavijo.
El retablo mayor data de 1765 y es una sobresaliente obra efectuada en madera dorada realizada por José Benítez Melón. Las tallas de dicho retablo son obras sevillanas del siglo XVIII procedentes del desaparecido Convento de los Descalzos de nuestra ciudad, a excepción del relieve del ático que sí fue elaborado expresamente para la Iglesia de Santa María.
El púlpito primitivo fue encargado por Esteban Blanqueto al ensamblador Alejandro de Saavedra, pero a mediados del s. XVIII fue sustituido por el actual, obra rococó de José Benítez Melón.
Notas:
1. Iglesia de la O (1609), iglesia de la Caridad (1613), iglesia conventual de la Merced (1616)
2. Las pechinas son los triángulos curvilíneos que unen la cúpula con los arcos torales sobre los que estriba.
Monasterio Santa María 
[…] Capilla mayor […]